Simbiotics — это пространственно-явная многомасштабная платформа моделирования для проектирования, моделирования и анализа бактериальных популяций. Могут быть смоделированы системы, начиная от планктонных клеток и колоний и заканчивая образованием и развитием биопленки. Представление биологических систем в Simbiotics является гибким, и определяемые пользователем процессы могут быть в различных формах в зависимости от желаемой абстракции модели.
Simbiotics предоставляет библиотеку модулей, таких как
- геометрия клеток
- динамика физических сил
- генетические схемы,
- метаболические пути
- химическая диффузия
- клеточные взаимодействия.
Процессы, определенные моделью, интегрированы и запланированы для параллельного многопоточного и многопроцессорного выполнения. Виртуальная лаборатория предоставляет разработчику моделей аналитические модули и некоторое моделируемое лабораторное оборудование, что позволяет автоматизировать взаимодействие образцов и сбор данных. Расширяемая и модульная структура позволяет обновлять платформу по мере разработки новых моделей бактерий в сочетании с интуитивно понятным пользовательским интерфейсом, позволяющим определять модели с минимальным опытом программирования.
Simbiotics может интегрировать существующие стандарты, такие как SBML, и обрабатывать микроскопические изображения для инициализации 3D-пространственной конфигурации консорциумов бактерий. Два тематических исследования, используемых для иллюстрации гибкости платформы, сосредоточены на физических свойствах смоделированных биосистем. Эти экспериментальные тематические исследования демонстрируют универсальность Simbiotics в моделировании и анализе природных систем и в качестве инструмента САПР для синтетической биологии.
Подробнее: SyntheticBioligy